Экспозиция «Прошлое Тавриды», где выставлена наиболее показательная часть археологической коллекции музея, посвящена истории Крыма с древнейших времен до позднего средневековья. Изделия из кремня, кости и дерева, останки древних животных, рассказывают об эпохе камня – древнем и позднем палеолите. Богатым экспонатурным рядом представлены эпоха бронзы и раннего железа, история античной Таврики VI-II веков до н.э и Позднескифского государства, тема «Великого переселения народов» и Таврика в период поздней античности и раннего средневековья.

Отдельный раздел посвящен истории распространения христианства. В экспозиции представлен большой комплекс античной и средневековой керамической тары. Заключительные три витрины отображают национально-бытовую сторону истории средневековых государств XIV-XV вв. на территории Крыма: княжества Феодоро (Крымская Готия), генуэзских колоний (Кафа, Судак) и Крымского ханства.