В музее находятся первоклассные по составу и сохранности вещи, многочисленные коллекции из раннесредневековых могильников Лучистое и Эски-Кермен. Многие находки из этих могильников опубликованы А. И. Айбабиным. Еще один раннесредневековый могильник – Узень-Баш (Скеля) представлен материалами из раскопок Н. Л. Эрнста.
Значительные собрания поступили из расколок Тепсеня (Фронджуло 1968 а) и салтово-маяцкого поселения Тау-Кипчак.
Результаты раскопок печей в Чобан-Куле и Мисхоре представлены различными остатками гончарного производства. Свои находки из раскопок в Судаке и его окрестностях в 1964–1966 и 1975–1976 гг. передал М. А. Фронджуло. Кроме того, в музее имеются случайно обнаруженные в разные годы в Судаке сосуды, в том числе поливные, и металлические изделия.
«Пещерные города» Юго-Западного Крыма представлены не очень выразительными находками. Это, в основном, подъемный материал, который был1 обнаружен на Мангуле Абдураманчиковым, служившим там одно время сторожем, и С. И. Забниным, на Эски-Кермене – Н. Л. Эрнстом, на Бакле – В. В. Лоренцем, на Тепе-Кермене – С. И. Забниным. В музее оказались фрагменты мозаики, обнаруженной на Мангупе Ф. А. Брауном, а также несколько ядер, использовавшихся турками при штурме города в 1475г.
Резко выделяется на этом фоне клад золотых вещей из раскопок А. Г. Герцена на Мангупском мысе Тешкли-Бурун. С Баклы происходят немногочисленные находки 1929 г. (вероятно, из раскопок Н. Л. Эрнста), и в 1959–1960 гг. из экспедиции, руководимой Е. В. Веймарном.
В фондах хранятся случайные находки из Балаклавы (керамика, светильники, бусы) и Старого Крыма (фрагмент поливного сосуда, амфора, фляга, изразцы).

О. А. Махнева передала материалы из своих раскопок средневековых поселений у Фороса и Симеиза, а также могильника у с. Оползневое.
Самостоятельный интерес представляет фигурный бронзовый водолей из Кизил-Таша.